La Faculté de Médecine conduit des travaux de recherche dans le domaine de la biologie, et des technologies biomédicales, des sciences humaines en santé et de la recherche clinique.

Un Institut Fédératif de Recherche impliquant l'Université, le CHU, l'INSERM, le CNRS, Telecom Bretagne, l'INRA, l'IRD, le CEA et l'EFS est créé depuis le 1er janvier 2008.
Trois structures sont labellisées par l'INSERM, quatre comme Equipes d'Accueil (reconnaissance par le MES) et une comme ERCS (reconnaissance locale).

Les doctorants d'origine scientifique ou médicale réalisent leur thèse dans les équipes d'accueil. La Faculté contribue également au Master Recherche en Bio-santé.

La Faculté de Médecine est aussi partenaire de Ouest Génopole et du Cancéropole Grand Ouest.

L’IFR148 
Cet  Institut Fédératif de Recherche (IFR), qui s’intitule « ScInBioS » (Sciences et Ingénierie en Biologie-Santé) s’inscrit dans le cadre du programme pluriannuel IFR soutenu par les Ministères de la Recherche et de la Santé, la CPU, l’INSERM, le CNRS, l’INRA, le CEA et l’IRD.
L’IFR 148 « ScInBioS » est placé sous la direction du Professeur Pierre Lehn (PU-PH, Biologie Cellulaire, Faculté de Médecine de l’UBO et CHU de Brest), réunit sur le site brestois en laboratoires labellisés travaillant sur des thématiques à orientation santé.

- Laboratoire Traitement Information Médicale - UMR_S 650
Christian Roux - Professeur ENST Bretagne

- UMR_S 613 Génétique moléculaire et génétique épidémiologique
Claude FEREC - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

- Centre d'Investigation Clinique
Dominique MOTTIER - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

- Optimisation des régulations physiologiques - ORPHY - EA 4324
Philippe SEBERT - Maître de Conférences des Universités - praticien hospitalier 

- Facteurs nerveux et structuration tissulaire EA 4323 
Maxime GIOUX - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

- Groupe d'Etude de la Thrombose de Bretagne Occidentale - EA 3878
Dominique MOTTIER - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

- Immunologie et Pathologie - EA 2216
Pierre YOUINOU - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

- Bactériologie -Virologie - EA 3882
Christopher PAYAN - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier

-  Ethique, Professionnalisme et Santé - JE 2535 -
Pascal DAVID - PR Lettres

- ERCS - GLIOME Brestois
Jean-Luc CARRE - Professeur des Universités - Praticien Hospitalier